کشتار شیعیان هزاره به‌دستور عبدالرحمن
در تابستان ۱۲۵۹ش، عبدالرحمن، پس از پذیرش شرایط دولت انگلستان، حکومت را در کابل بدست گرفت. او تا سال ۱۲۶۶ش اداره قندهار، هرات، جلال‌آباد، غزنی و ترکستان شامل بلخ، تخار و فاریاب و جوزجان را به مرکزیت مزار شریف با خشونت و سرکوب بدست آورد.
عبدالرحمن در ۱۲۶۷ش/۱۸۹۸م متوجه هزاره‌ها شد. او برای هزاره‌ها ۱۶ مالیات وضع کرد و هزاره‌های شیخ‌علی را که به این مالیات اعتراض کردند، بشدت سرکوب کرده و زمین‌های‌شان را گرفت. در دو سال بعد، مأموران مالیات و فرماندهان عبدالرحمن به میل خود، هر جریمه و آزاری را بر هزاره‌ها تحمیل کردند. در بهار ۱۲۷۱ش/۱۸۹۲م پس از تجاوز سربازان عبدالرحمن به یک زن هزاره، خانواده او، سربازان را کشته و سلاح‌های مصادره شده خود را پس گرفتند. رهبران عمده هزاره‌ها نیز در نشست بزرگان هزاره علیه عبدالرحمن اعلام جنگ کردند.
در اولین نبرد عبدالقدوس‌خان و شیرمحمدخان، دو فرمانده ارشد عبدالرحمن، شکست خوردند.عبدالرحمن از ملایان مشهور سنی خواست علیه هزاره‌ها، فتوای تکفیر و جهاد بدهد. او زمین‌ها، دارایی، زنان و فرزندان هزاره‌ها را پاداش افرادی اعلام کرد که در این جهاد شرکت کنند. دولت بریتانیا نیز پیشنهاد مستشاران نظامی برای کمک به عبدالرحمن کرد.
به دستور عبدالرحمن، از پنج جهت به هزاره‌جات نیرو روانه گشت: غزنی، کابل، قندهار، هرات و مزار شریف. جنگ تا اواسط پاییز ۱۲۷۱ش/نوامبر ۱۸۹۲م ادامه داشت. سیدعسکر موسوی، هدف عبدالرحمن را از این جنگ، پراکندن هزاره‌ها و کاهش جمعیت آنان نوشته‌است.
پیامدهای تهاجم
کشته شدن درصد بالایی از مردان هزاره. فیض محمد، کاتب عبدالرحمن، درصد کشته‌شدگان را بالای شصت درصد تخمین زده بود.
تمام قلعه‌ها و مساکن مردم هزاره تخریب و مزارع‌شان پایمال شد.
هزاران مرد و زن و کودک هزاره بعنوان برده در بازارهای کابل و قندهار فروخته شدند.
تمام زمین‌های زراعتی و چراگاه‌هایی که از هزاره‌ها گرفته شده، به مالکیت دولت درآمد. بخشی از این زمین‌ها به کوچی‌های پشتون داده شد که در حمله شرکت کرده بودند.
عبدالرحمن، میرها، سادات و ملاهای هزاره را به کابل فراخواند. تعدادی را کشت، عده‌ای را به زندان افکند و گروهی را تبعید کرد. قاضی‌های حنفی به هزارستان فرستاده شد.
فرار و مهاجرت بخش بزرگی از ساکنین هزارستان به مناطق بیرونی.
تحمیل مالیات جدید و جریمه‌های سنگین.
تیمور خانف نتیجه نهایی این اقدامات را تقلیل شدید جمعیت هزاره‌ها و فروپاشی معنوی، اقتصادی و فرهنگی آنان نوشته‌است. میرمحمد غبار، تاریخ‌نگار افغان در این باره نوشت: مظالم امیر در هزاره‌جات سابقه‌ای در تاریخ کشور نداشت و فقط می‌توان آن را در تاریخ هجوم چنگیز مطالعه کرد و بس.
پس از عبدالرحمن
پس از عبدالرحمن، فرزندش حبیب‌الله، خرید و فروش بردگان هزاره را ممنوع اعلام کرد ولی آنان را آزاد نکرد. هزاره‌ها در جنگ استقلال افغانستان علیه انگلیس (۱۲۹۸ش/۱۹۱۹م) به فرمان امان‌الله، فرزند حبیب‌الله و حاکم افغانستان شرکت کردند.در ۱۳۰۱ش، سه سال پس از آن، امان‌الله خان قانون بردگی هزاره‌ها را لغو کرد. همزمان با این دستور، امان‌الله، تلاش خود را برای تثبیت زبان پشتو به عنوان زبان رسمی و محدودیت زبان و فرهنگ فارسی شروع کرد. این کار باعث سرکوب مجدد هزاره‌ها گردید. این محرومیت و انزوا، تا ۱۳۵۷ش/۱۹۷۹ش و روی کار آمدن دولت کمونیستی ادامه داشت. کشته شدن نادرخان، جانشین امان‌الله توسط یک دانش آموز هزاره بنام عبدالخالق در ۱۳۱۲ش، رویه سرکوب سیاسی و تبعیض را علیه آنان شدت داد. در ۱۳۲۳ش، در زمان محمدظاهرشاه، فرزند نادرخان، ابراهیم گاوسوار علیه مالیات سنگین و تحمیلی هزاره‌ها دست به قیام زد و توانست مقداری از این مالیات را لغو کند ولی خودش تبعید شد. سیداسماعیل بلخی به همراه گاوسوار در اولین روز ۱۳۲۹ش قصد براندازی حکومت ظاهرشاه را داشتند که دستگیر شد و ۱۴ سال در زندان ماند.هزاره‌ها هیچ‌گاه موقعیت‌های بالا و مؤثری در ساختار سیاسی افغانستان نداشتند گرچه در پارلمان و دولت، نمایندگان معدودی داشتند.
پس از استقلال افغانستان در ۱۲۹۸ش، دوباره مسافرت زایران و مهاجرت طلاب هزاره به مشهد و عتبات عالیات رواج یافت ولی دولت افغانستان در دادن پاسپورت به آنان بسیار سختگیری می‌کرد. برخی از روحانیون در بازگشت، مدارس علمیه کوچکی را در روستای زادگاه خود، بنا کردند.
