آقای محقق در سال ١٣٣۴ خورشیدی در ولسوالی چارکنت ولایت بلخ در شمال افغانستان به دنیا آمده است.
او پس از تکمیل آموزش‌های ابتدایی در افغانستان، وارد حوزه علمیه قم شد و به آموزش علوم اسلامی پرداخت.
محمد محقق، مبارزات مسلحانه خود علیه شوروی سابق را از ولایت بلخ، زادگاهش به پیش می‌برد و پس از خروج شوروی از افغانستان در سال ١٩٩٢ میلادی، مسئول شورای ولایتی حزب وحدت اسلامی به رهبری عبدالعلی مزاری در شمال افغانستان شد.
آقای محقق در این سالها معاونت عبد الرشید دوستم را که در آن سالها در راس یک شورای نظامی ولایت‌های شمالی افغانستان را رهبری می‌کرد نیز داشت.
آقای محقق در جنگ‌های داخلی افغانستان که میان گروه‌های مجاهدین در گرفت، حضور فعال داشت.
به دنبال قوت گرفتن گروه طالبان در افغانستان و تصرف بسیاری از مناطق این کشور از سوی این گروه، آقای محقق مقاومت مسلحانه خود را علیه طالبان آغاز کرد و در برابر پیشرویی این گروه ایستادگی کرد.
شماری از منابع، از آقای محقق به عنوان یکی از فرماندهان جهادی یاد می‌کنند که در سالهای مقاومت علیه گروه طالبان هرگز از افغانستان بیرون نشد.
زمانی که طالبان حدود ٩۵ درصد خاک افغانستان را در کنترول خود داشتند، آقای محقق با مردان مسلح خود در دره صوف ولایت سمنگان، و یکاولنگ و پنجاب ولایت بامیان به مقاومت علیه این گروه ادامه داد.
پس از سقوط رژیم طالبان در اواخر ٢٠٠١ میلادی و تشکیل اجلاس بزرگ افغانها در شهر بن آلمان برای ایجاد دولت موقت در افغانستان، آقای محقق به عنوان معاون رییس دولت موقت تعیین شد.
او در دوره حکومت انتقالی به رهبری حامد کرزی، وزیر برنامه ریزی (پلان) افغانستان شد و تا قبل از برگزاری نخستین انتخابات ریاست جمهوری در سال ٢٠٠۴، در همین پست کار کرد.
هنوز به درستی روشن نیست که آقای محقق در سال ٢٠٠۴، از سوی رئیس جمهور کرزی از پست وزارت برنامه ریزی کنار زده شد و یا خود از این موقف استعفا داد؛ اما در هر صورت، او در انتخابات ریاست جمهوری سال ٢٠٠۴، به رقابت با حامد کرزی پرداخت و براساس آرای مردم، در جایگاه سوم – بعد از حامد کرزی و یونس قانونی – قرار گرفت.
آقای محقق پس از آن در سال ٢٠٠۵ میلادی با شرکت در انتخابات پارلمانی افغانستان، وارد مجلس نمایندگان شد و ریاست کمیسیون امور دینی و فرهنگی این مجلس را به عهده گرفت.
آقای محقق در انتخابات دوم ریاست جمهوری حمایت خود را از نامزدی حامد کرزی اعلام کرده و در اجتماعات هزاره‌ها واضحا گفته است که از آقای کرزی وعده گرفته در صورت پیروزی در انتخابات، به وضعیت هزاره‌ها توجه بیشتری صورت گیرد.
محمد محقق از چهره‌های مطرح جهادی در افغانستان است که توانسته در سالهای پس از ایجاد دولت جدید در افغانستان نیز نفوذ خود را در میان هوادارانش حفظ کند.
آقای محقق نقش اساسی را در مبارزه گروه‌های جهادی علیه شوروی سابق در افغانستان بازی کرد و بعدتر نیز به یکی از فرماندهان اصلی مقاومت علیه گروه طالبان تبدیل شد.
در انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۳۹۳ افغانستان به عنوان معاون دوم عبدالله عبدالله شرکت کرد. که در نهایت تقسیم قدرت پنجاه پنجاه ریاست اجراییه به تیم عبدالله عبدالله تعلق گرفت و محمد محقق معاون دوم ریاست اجراییه افغانستان بود.
