هزاره های شیعه از لحاظ تاریخی تبعیض آمیزترین گروه اقلیت قومی در افغانستان هستند و مدت هاست با خشونت و تبعیض روبرو بوده اند. تا حدی، این مربوط به ایمان مذهبی است. از نظر تاریخی، اقلیت شیعه، صرف نظر از قومیت، با آزار و اذیت طولانی مدت از سوی اکثریت جمعیت سنی مواجه بوده است. در زمان سلطنت امیر عبدالرحمن (1880-1901)، هزاره ها متحمل سرکوب شدید سیاسی، اجتماعی و اقتصادی شدند که با اعلامیه جهاد یا جنگ مقدس توسط دولت علیه هزاره ها از 1890 تا 1893 به اوج رسید. عبدالرحمن خان، پشتون، بسیج شد. گروه‌های بزرگی از نیروهای دولتی و نیز شبه‌نظامیان قومی و قبیله‌ای در جنگ با هزاره‌ها به آنها وعده سرزمین‌های هزاره و مردان و زنان را به عنوان برده می‌دادند. هزاران مرد هزاره کشته شدند، زنان و اطفال آنها به عنوان برده گرفته شدند و زمین های آنها اشغال و دوباره بین قبایل پشتون توزیع شد. برای تقویت نیروها علیه هزاره ها، او از حساسیت های مذهبی سنی درخواست کرد تا تاجیک ها و ازبک ها (هر دو سنی) را برای کمک به پشتون ها در مبارزه با هزاره های شیعه بسیج کنند. هزاره هایی که از دوره اولیه حملات جان سالم به در بردند، توانستند به شمال فرار کنند، در حالی که تعداد قابل توجهی به هند بریتانیای آن زمان گریختند. به غیر از پشتون‌ها، ازبک‌ها نیز به هزاره‌ها در بامیان و جاهای دیگر حمله برده‌اند.
هزاره جات در سال 1893 توسط نیروهای عبدالرحمن اشغال شد. متعاقباً، او یک سیستم حکومتی را ایجاد کرد که به طور سیستماتیک هزاره ها را سرکوب می کرد. این سرکوب از صدور مالیات های بی مورد گرفته تا حمله به زمین ها و برداشت محصول هزاره ها، قتل عام، غارت و غارت خانه ها، به بردگی گرفتن کودکان، زنان و مردان هزاره و جایگزینی روحانیون شیعه با همتایان مذهبی سنی خود را در بر می گرفت.
اگرچه برده داری به طور رسمی توسط شاه امان الله خان در سال 1923 لغو شد، آزار و اذیت هزاره ها ادامه یافت. هزاره ها با به حاشیه راندن سیاسی، اقتصادی و اجتماعی و انگ فرهنگ و هویت هزاره مواجه شدند. در هزاره جات، کوچی‌های پشتون که در فتح منطقه در دهه 1890 شرکت داشتند، به تدریج کنترل مراتع منطقه را به دست گرفتند و بر تجارت و سایر فعالیت‌های اقتصادی آن با بقیه افغانستان تسلط یافتند. دولت همچنین مالیات های گزافی را جمع آوری کرد و منطقه را از نظر اقتصادی توسعه نیافته نگه داشت، بدون سرمایه گذاری در جاده ها یا زیرساخت های دیگر. برای کاهش تأثیر این تبعیض، بسیاری از هزاره ها هویت خود را پنهان کردند تا به هویت دولتی دست یابند. در اواخر دهه 1970، برخی از معلمان دینی اهل سنت تبلیغ می کردند که کشتار هزاره ها کلید بهشت است. در نتیجه این سیاست ها، هزاره های زیادی در لبه ویرانی اقتصادی در افغانستان زندگی می کردند.
از دهه 1960 هزاره ها به طور فعال علیه سیاست های تبعیض آمیز علیه آنها مبارزه کرده اند و خواهان حقوق برابر به عنوان شهروندان افغانستان هستند. هزاره ها احزاب سیاسی خود را تشکیل داده اند و در اتحاد با احزاب دیگر شرکت کرده اند تا نفوذ خود را بر سیاست های دولتی در کشور اعمال کنند. مهم ترین گروه های سیاسی هزاره در جریان مقاومت در برابر اشغال افغانستان توسط شوروی در دهه 1980 ظهور کردند. چندین گروه که در این دهه ظاهر شدند در سال 1989 با هم ادغام شدند و حزب وحدت اسلامی افغانستان (حزب وحدت اسلامی افغانستان) را تشکیل دادند. پس از فروپاشی آخرین دولت طرفدار شوروی در آوریل 1992، مقاومت سابق ضد شوروی گروه‌هایی که مجاهدین نامیده می‌شوند، نتوانستند بر سر حکومت ملی جدید به توافق برسند. این گروه ها بر سر کنترل کابل و دیگر مناطق افغانستان جنگ های داخلی خونینی داشتند. بین سالهای 1992 و 1995، عبدالعلی مزاری حزب وحدت را رهبری کرد تا در سطح بین‌المللی به نفع هزاره‌ها و از جانب آنها صحبت کند و پرونده‌ی آنها را به سازمان ملل و جامعه بین‌المللی برساند. او با گرد هم آوردن بخش‌ها، نیروها و طبقات بسیاری در جامعه هزاره و شیعه، مردم هزاره را متحد کرد. حزب وحدت خود را در درگیری‌های خونین با دیگر گروه‌های عمدتا سنی، از جمله جمعیت اسلامی به رهبری برهان الدین ربانی و اتحاد اسلامی به رهبری رسول سیاف دید. جمعیت، تحت فرماندهی احمدشاه مسعود، فرمانده ارشد ربانی، حملات توپخانه ای تلافی جویانه را بر حزب وحدت آغاز کرد و هزاره ها را کشت. عفو بین‌الملل متعاقباً از کشتن بسیاری از غیرنظامیان غیرمسلح و تجاوز به بسیاری از زنان هزاره خبر داد. در فبروری 1993، صدها تن از باشندگان هزاره در منطقه افشار در غرب کابل توسط نیروهای دولتی به رهبری ربانی و مسعود قتل عام شدند و اتحاد اسلامی به آنها پیوست. در این جنگ، مناطق وسیعی از کابل، به‌ویژه مناطقی که هزاره‌ها در آن زندگی می‌کردند، ویران شد.
مزاری در حین اسارت طالبان در ماه مارچ 1995 در شرایطی مرموز کشته شد و حزب وحدت به رهبری کریم خلیلی تا سال 2001 به ائتلافی علیه طالبان پیوست. در سالهای پس از تسخیر کابل توسط طالبان در سال 1995، هزاره ها به ویژه با سرکوب و آزار و اذیت شدید، از جمله یک سری کشتار دسته جمعی در چندین ولایت که منجر به کشته شدن هزاران نفر شد، مواجه شد.
